巜十三势行功心解》通篇贯以“以心行气”，心为令，“以气运身”，气为旗，“身为驱使”，腰为纛，“周身俱要轻灵”，神为主帅的主题思想。阐述了心意、内气、形体三者的作用和功能及其境界。
心、气、形的主从关系为“心为令，“气为旗”，“身为驱使”，气、身（形）都受神这个主帅的制约与调遣。三者要修炼达到如此境界：心要达“内固精神，外示安逸”之“神舒心静”。气要达到“行气如九曲珠，无微不至”之“布达四梢”，形要达到“静如山岳，动若江河”的“由脚而腿而腰，总须完整一气”。总之，“先在心，后在身”地“以气运身，务令顺遂”。太极拳修炼“心意”驾奴“身形”的功能，是通过发挥“气”的功能来实现的。“气”只是“心意”驾奴“身形”过程中的传输媒介。所以肢体运动必须受心意的支配，而非受气（包括呼吸）的支配。这是个原则不可违也！否则，若失于心为主宰，而以气决定形，则必会导致肢体动作迟缓、僵滞而不灵活，这正是所谓的“在气则滞”这句经典难句的真意。如此则难以修炼出内外合一的整劲来。
再说说“以心行气”的实质是什么呢？就是要求修炼者必须要首先调整好心态，而后在心意的作用下充分发挥自身呼吸作用的现象，及其养气、推动内气运行的功能。
修炼太极拳，必须要“行气”、“导引”并举进行修炼。“行气”的要点是以呼吸培补内气，并推动内气在体内循经运行，从拳而言就是在于吸气时内气由四梢回归丹田，呼气时内气从丹田布于四梢；“导引”的要点则是呼吸运动要与肢体运动紧密结合，就太极拳而言，导引（运身）在于使呼吸运动与肢体运动要形成“起、承为吸、为合、为蓄；转与合为呼、为开、为发”的以形顺气，以气正形。而太极拳的每一举势的起、承、转、合与呼吸缜密的相互配合，正是所谓的“拳势呼吸”。
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